Назва структурного підрозділу

1

Керівництво

1.1

Начальник

1.2

Перший заступник начальника

1.3

Заступник начальника

1.4

Заступник начальника-начальник управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії

2

Відділ організації роботи

3

Сектор охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації

4

Відділ матеріального забезпечення та розвитку інфраструктури

5

Відділ по роботі з персоналом

6

Відділ фінансування, бухгалтерського обліку та звітності

7

Сектор митної статистики

8

Сектор розгляду звернень та забезпечення доступу до публічної інформації

9

Сектор інформаційних технологій

10

Юридичний сектор

11

Відділ організації митного контролю та оформлення

12

Управління адміністрування митних платежів та митно-тарифного регулювання

12.1

Відділ контролю митної вартості та адміністрування митних платежів

12.2

Відділ класифікації товарів та митно-тарифного регулювання

13

Управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії

13.1

Відділ оперативного реагування, інформаційно-аналітичної роботи та моніторингу

13.2

Відділ оперативного реагування та взаємодії з митними органами іноземних держав

13.3

Відділ боротьби з незаконним переміщенням наркотиків і зброї та кінологічного забезпечення

13.4

Сектор провадження у справах про порушення митних правил

14

Сектор з управління ризиками

15

Сектор з питань запобігання та виявлення корупції

16

Відділ чергових

17

Митний пост ,,Первомайськ”

17.1

Сектор митного оформлення № 1

18

Митний пост ,,Октябрський”

18.1

Сектор митного оформлення № 1

19

Митний пост ,,Костянтинівка”

19.1

Сектор митного оформлення № 1

19.2

Сектор митного оформлення № 2

20

Митний пост ,,Миколаїв-морський”

20.1

Сектор митного оформлення № 1

21

Митний пост ,,Дніпро-Бузький”